En 2001 el club cambia de propietario y pasa a llamarse San Diego FC y bajo los nuevos dueños el club logra clasificar a los playoff en dos ocasiones aunque no con los mismos resultados, además de alcanzar la tercera ronda de la US Open Cup en dos ocasiones; pero el equipo desaparece al finalizar la temporada de 2001 por problemas gerenciales y financieros.

El club es refundado en 2010 con su nombre original por un grupo nuevo de propietarios liderados por Clenton Alexander, el inglés Warren Barton y el internacional con Estados Unidos Eric Wynalda;[2]​ teniendo participación oficial en la NPSL de 2011 en la que lograron ganar el título de división, pero fueron eliminados en la primera ronda del playoff por el Sacramento Gold 1-2.

[4]​ Tras tres temporadas en la que clasificaron a los playoffs de manera consecutiva, incluyendo un título de división en 2015, el club desaparece al finalizar la temporada.

[5]​ Su principal rival fue el San Diego Boca FC con quien jugaba el San Diego Derby,[6]​ la cual inició cuando el club fue refundado en 2011 en la NASL y jugaban anualmente.

La rivalidad surgió debido a que parte de los propietarios del San Diego Boca FC formaron parte del club cuando pertenecía a la desaparecida A-League.