Samuel Cooper nació en New Hackensack, condado de Dutchess, Nueva York.

[4]​ En 1827, Cooper contrajo matrimonio con Sarah Maria Mason, convirtiéndose en cuñado del futuro diplomático confederado James M. Mason y más tarde en suegro del general unionista Frank Wheaton.

Lee, mientras que su hermano John Mason era yerno del general Alexander Macomb.

Cooper sirvió como ayudante de campo del general Macomb entre 1828 y 1836 y bajo su supervisión publicó el manual titulado A Concise System of Instructions and Regulations for the Militia and Volunteers of the United States.

En 1838 recibió una promoción honoraria al rango de mayor y fue nombrado general asistente adjunto del Ejército.

[3]​ Al finalizar la guerra en 1865, Cooper se rindió y fue puesto en libertad condicional el 3 de mayo en Charlotte.

[4]​ Al construir defensas en las inmediaciones de Washington D. C., las fuerzas de la Unión demolieron su casa y usaron sus restos para construir un fuerte apodado "Colina del Traidor" en alusión a Cooper.

Los historiadores militares han guardado una alta consideración hacia Cooper por esta acción.

Lee, en nombre de otros antiguos militares confederados, envió a Cooper 300 dólares.

Lee le escribió lo siguiente: "A esta suma solo he sido capaz de añadir 100 dólares, pero espero que pueda permitirle suplir algunas necesidades básicas y evitar que se agoten mucho sus fuerzas.