En el Liverpool FC, llega a su primera final de la Champions League en 1981 enfrentándose al Real Madrid en la cual vencieron por 1-0.

En el Liverpool también obtiene más campeonatos, tales como Premiers, o Fa Cups.

En 1986 se cambia de equipo y se traslada a Londres allí decide jugar por el Queens Park Rangers, eso si jugó solo una temporada, ya que se fue a jugar a La Liga en el año 1987 con el CA Osasuna, jugó ahí hasta que decidió retirarse del fútbol y volvió a Inglaterra para culminar su carrera con el Southampton FC y luego al Bolton Wanderers, en donde se retiró en 1991.

En el año 2007, debuta como técnico del Bolton Wanderers, reemplazando a su antecesor Sam Allardyce que se fue al Newcastle United.

Pero Lee no pudo mantener el gran nivel que demostró el equipo con Allardyce y fue cesado como técnico del Bolton, siendo sustituido por Gary Megson.