El edificio presenta un diseño sencillo donde se resaltaran las obras expuestas y no el lugar donde se exponen.
El lugar lo compone un inmueble blanco ubicado en lote angosto entre las calles Décima y Once.
De hecho, el proyecto comprendió la integración de la plazoleta que lleva el nombre del pintor neogranadino Gregorio Vásquez de Arce y Ceballos, situada en un plano inferior con respecto a la calle, con la cual la conectan unas escalinatas que funcionan como entrada principal.
Esta zona ocupa el espacio antiguamente consagrado a un parqueadero, el cual se demolió para aprovechar el costado oriental del Museo Botero.
El edificio se estructura asimismo con respecto a su "calle cubierta", rematada por lucarnas redondas, que lo atraviesa de sur a norte y funciona como eje de distribución de las salas, tienda, auditorio y otras dependencias del lugar.