Fue fundado en el año 1907 en la ciudad de Eisenstadt con el nombre Kismarton FC y jugó 13 temporadas en la Bundesliga entre 1968 y 1987, año en que estuvieron por última vez en la máxima categoría.

En junio de 2016, algunas partes interesadas en torno al presidente Hans Kusolits y el exjugador de fútbol nacional austriaco Paul Scharner fundaron un nuevo club con el SC Eisenstadt 1907, que se supone que da seguimiento a la historia del histórico SC Eisenstadt.

Luego, el club fue asumido por un nuevo equipo directivo, que había estado planeando la reconstrucción completa bajo el nombre original del club "SC Eisenstadt" bajo el liderazgo del presidente Christopher Görz desde el otoño de 2017.

La entrada al campeonato de Burgenland tuvo lugar en la temporada 2018/19.

Comenzaron en la división más baja de Burgenland, la segunda clase al norte.