Es un campo dividido en dos cuarteles, unos verde y otro de oro que fueron retomados del del santo patrón San Miguel Arcángel, al centro está glifo topónimo de Atotonilco que es un tecuil con agua caliente.

En la parte superior está una corona que representa al mismo monarca y la letra “K” fue representada por los alemanes como Carlos I.

En la parte posterior está un águila bicéfala representa al emperador Carlos I de España en dos campos de color, azul y oro que representan al estado de Jalisco.

[1]​ La bandera de Atotonilco el Alto es el emblema que representa a esta ciudad y es utilizado por el Ayuntamiento como símbolo representativo de la ciudad de Los Altos.

Lleva un águla bicefala con las alas extendidas que representa Carlos I.