Sébastien Puygrenier comenzó su educación futbolística en la escuela de fútbol del Stade Rennais Football Club.
[1] Después de su breve estancia en el Stade Rennais Football Club, Sébastien Puygrenier fue cedido durante la siguiente temporada al Association Sportive Nancy-Lorraine, equipo que militaba en la Segunda División de Francia.
[2] Sébastien se convirtió en un jugador fijo de la plantilla, y dos años después (en liga 2004-2005) el Nancy-Lorraine consiguió ganar el campeonato de Segunda División, pasando a jugar en Primera.
[2] En las tres ligas siguientes (2005-2008) Puygrenier jugó casi cien partidos del campeonato y metió 10 goles.
En un principio el jugador quiso fichar por Saint-Étienne, llegando a un previo acuerdo con este club,[3] pero luego se decantó por el Zenit.