Existen objetos opcionales coleccionables dispersos por todos los niveles, siendo las barras de oro los más comunes.

Existe una cantidad fija de oro en cada nivel, y cada barra recolectada incrementará el puntaje del jugador.

Runner3 también incluye un nuevo tipo de coleccionable, las gemas, que pueden encontrarse en caminos alternativos más difíciles que obligan al jugador a evitar las barras de oro, exigiendo terminar el nivel varias veces para ser completado del todo.

Mientras que los otros juegos Runner separaban los niveles en diferentes rutas saltando a una plataforma o deslizándose por debajo de ella, Runner3 presenta caminos alternos que se abren a un costado, permitiendo al jugador seleccionar el camino simplemente pulsando una dirección.

El juego también cuenta con misiones secundarias llamadas Hero Quests, en las cuales CommanderVideo se detiene para poder interactuar con personajes no jugables[3]​ que podrán pedirle, por ejemplo, recolectar ítems específicos en ciertos niveles.

Cada nivel retro posee cinco «monedas Gildan» que podrán intercambiarse por cosméticos extra en una tienda dentro del juego.

El cofundador de Choice Provisions, Alex Neuse, enfatizó que muchos juegos recompensaban únicamente a los jugadores más dedicados, y ofrecían una experiencia menos gratificante si se jugaba en menor dificultad.