Se casó con Sophia Magdalena, hija del alcalde de Gotinga, Georg Friedrich Morrien.

Sus hijos fueron el médico Georg Wedekind, más tarde barón de Wedekind, secretario del Consejo de Estado y jacobino, que vivió en la ciudad de Darmstadt, así como la escritora y traductora Meta Forkel-Liebeskind, nacida Wedekind.

Rudolf Wedekind estudió Teología en Rinteln desde 1735 y desde 1737, Filosofía en Göttingen, donde se graduó con un MA en 1740.

En 1746 obtuvo una cátedra en la Facultad de Filosofía de la Universidad de Göttingen; más tarde fue profesor asociado de la misma universidad, cargo que ocupó hasta su muerte.

[2]​ Más tarde, fue también predicador en la iglesia de San Albani.