Rúben Pereira debutó como futbolista profesional en Danubio en 1986, donde se consagró Campeón Uruguayo en 1988, siendo esta la primera ocasión en que este equipo de la Curva de Maroñas logró el máximo título futbolístico del país.
Entre los años 1992 y 1993 formó parte del Club Atlético Boca Juniors de la República Argentina, siendo campeón del Torneo Apertura de la Asociación del Fútbol Argentino de 1992.
En 1993 volvió al fútbol uruguayo para integrar el plantel del Club Nacional de Football, permaneciendo allí hasta 1994.
Finalmente pasó al Club Atlético Peñarol en 1994, donde terminaría su carrera retirándose en 1998.
Con Peñarol se consagró Campeón Uruguayo de Primera División en 1994, 1995, 1996, 1997.