[2]​ Posteriormente se desempeñaría en altos cargos de la Fuerza Aérea durante los años 1990, donde se mantuvo alejado de todos los enfrentamientos internos en la fuerza y ajeno a los escándalos durante las conducciones de los brigadieres generales José Antonio Juliá y Juan Daniel Paulik.

Deesta manera en entonces Brigadier Mayor Rubén Mario Montenegro fue ganando muy buena reputación entre sus subordinados.

[1]​[3]​[4]​ Al poco tiempo de asumir su cargo, el brigadier general Rubén Montenegro manifestó, al igual que su antecesor, que el presupuesto asignado a la Fuerza Aérea Argentina no era el óptimo, ya que la reducción del mismo por parte del gobierno «afecta el entrenamiento de los pilotos».

Se convirtió así en otro jefe aeronáutico en declarar que los recortes presupuestarios dispuestos por el gobierno incidieron en la capacidad operativa de la aviación militar.

[6]​ El brigadier general (R) Rubén Mario Montenegro reapareció públicamente luego de haber declarado al Diario Clarín que desde el año 1993 al año 2007 se fueron más de cuatroscientos pilotos aeronáuticos al sector privado, por falta de incentivo, por una mejor oferta laboral y mejores sueldos.