[1]​[2]​ Después del golpe de Estado que siguió a las elecciones de 1982 , él y sus compañeros coroneles César Augusto Cáceres Rojas y Héctor Gramajo Morales, otros dos oficiales guatemaltecos que habían estudiado contrainsurgencia tácticas en las escuelas militares extranjeras - creó el Plan Nacional de Seguridad y Desarrollo.

[1]​ Se esperaba que Lobos Zamora fuera ascendido a ministro de Defensa, pero después de que Vinicio Cerezo saliera victorioso en las elecciones de 1985, obligó a Lobos Zamora a retirarse del ejército y nombró a Jaime Hernández Méndez como ministro de Defensa..[3]​[4]​ En febrero de 1984, Lobos Zamora fue nombrado para el nuevo cargo como vicejefe de estado bajo Óscar Humberto Mejía Victores.

[6]​ Su oposición llevó a una demora de casi cinco años en los planes de la República de China para establecer relaciones con Belice: en 1984, cuando el entonces embajador de la República de China en Guatemala, Gene Loh, viajó a Belice para reunirse con William Quinto y el primer ministro George Price, Lobos Zamora, dieron a conocer su disgusto, y un agente de la CIA informó a Loh que si la República de China seguía adelante con sus planes, Guatemala podría romper las relaciones por completo.

El Grupo de Apoyo Mutuo lo acusó de abusos contra los derechos humanos e intentó llevarlo a juicio, pero su nombramiento diplomático lo hizo inmune al enjuiciamiento.

[8]​[9]​ Durante el enfrentamiento de 1988 entre Manuel Noriega y Estados Unidos, Cerezo llamó con frecuencia a Lobos Zamora a Guatemala para brindar actualizaciones y discutir la situación; el gobierno guatemalteco prestó mucha atención a la situación y buscó actuar como mediador entre Panamá y Estados Unidos.