En 1939 se afilió a la SS-Totenkopfverbände, y fue nombrado ayudante en el campo de concentración de Neuengamme en 1942, siguiendo funciones en Oranienburg, Columbia Haus (Berlín) y Sachsenhausen.

Al final de la guerra, Baer huyó y vivió cerca de Hamburgo escondido bajo la falsa identidad de Karl Egon Neumann, trabajador forestal.

[1]​ Después de ver la fotografía en el periódico Bild, un compañero de trabajo en la finca del príncipe Otto von Bismarck, reportó que Baer estaba trabajando como forestal allí.

Cuando los oficiales confrontaron a «Neumann» (su nombre adoptado) en el bosque la mañana del 20 de diciembre de 1960, primero lo negó todo.

Habiendo sido allanada su residencia, la esposa se identificó como «Señora Baer», aunque todavía alegaba que Baer se llamaba Neumann.