Pavoni debutó en el Club Atlético Defensor de Montevideo, Uruguay; pero a los veintiún años llegó al Club Atlético Independiente de Avellaneda, Argentina, logrando ser una de las mayores glorias del club.

Es el segundo jugador con más Copas Libertadores de la historia, con cinco títulos, igualado con su compañero Ricardo Bochini y por detrás de Francisco Sá.

Tras su retiro emotivo, pasó a entrenar equipos juveniles en el Club Atlético Independiente.

(anotó el único gol de Uruguay en todo el torneo).

[2]​ Datos actualizados al fin de la carrera deportiva.