Riñinahue recibe su nombre de un término en mapudungún, idioma del pueblo mapuche.

Fundado originalmente en lo que hoy se conoce como Epulafquén o Playa Riñinahue, fue un puerto de vapores que debió su existencia al auge maderero y a las necesidades de los colonos que avanzaban hacia la zona cordillerana.

En los años 80, un incendio destruyó el retén de carabineros, que antiguamente estaba ubicado en Epulafquén.

El fin de los vapores y el auge maderero hicieron que el pueblo paulatinamente se fuera ubicando a orillas del camino principal, donde se encuentra actualmente.

[cita requerida] La segunda fue en junio de 2011, cuando los habitantes del pueblo debieron evacuar debido a la erupción del Cordón Caulle.