Como defensor comprometido de la autonomía galesa, Morgan se presentó como candidato del Partido Laborista a la entonces llamada Primera Secretaría de la Asamblea Galesa.

Perdió frente al entonces Secretario de Estado por Gales, Ron Davies.

Rhodri Morgan fue elegido el nuevo candidato del partido Laborista, y por tanto también ministro principal.

Sus críticos también le han echado en cara lo que según ellos es una escasez en dichos servicios públicos, sobre todo en cuanto a la salud, en dónde las listas de espera de los hospitales siguen siendo más largas que las de Inglaterra.

En un discurso dado en Swansea al Centro Nacional para la Política en noviembre de 2002, Morgan estableció su oposición a la creación de nuevos hospitales (una propuesta de los laboristas del Reino Unido), y se refirió a las distintas políticas en Gales y Westminister.