Al encontrarse con la resistencia del Senado y de su colega Quinto Lutacio Cátulo Capitolino, se rebeló en Etruria.

Lépido fue derrotado en la batalla del Campo de Marte, tras lo cual cruzó con su ejército a Cerdeña, donde murió poco después.

[14]​ En las guerras civiles que pronto comenzaron, Marco Emilio se pasó al lado de Sila, aunque Pablo Orosio lo llama mariano.

[15]​ En este sentido, el investigador ruso A. Eremin describió a Lépido como «un típico aristócrata renegado de la época silana».

[19]​ Al mismo tiempo, en el relato de Salustio, dice en su justificación que actuó así por su propia seguridad.

[20]​ En el año 80 a. C. se menciona a Marco Emilio como propretor de Sicilia,[21]​ y, por tanto, debería haber recibido la pretura no más tarde del año 81 a. C., última fecha posible en términos de la lex Villia annalis.

[22]​ En la provincia Lépido se enriqueció aún más,[19]​ y a su regreso a Roma reconstruyó la basílica Emilia y construyó una lujosa mansión,[23]​ lo que le hacía el primero de la ciudad en utilizar mármol de Numidia en la construcción.

[28]​ Sin embargo, A. Egorov cree que el orden se invirtió: «la enemistad con los Metelo puso a Lépido en desacuerdo con Sila».

[31]​ Cneo había conseguido el favor del pueblo para Marco Emilio, y los Metelo sólo tuvieron que retirar los cargos, usando como excusa plausible su propiedad con Pompeyo.

Existía el peligro de que toda Etruria se uniera contra Roma bajo su mando.

Marco Emilio, como único titular de la autoridad oficial, probablemente ejerció el mando supremo.

Marco Emilio se trasladó a Roma, mientras que el ejército contrario estaba dirigido formalmente por Cátulo, pero en realidad lo comandaba Pompeyo.

Finalmente, Escipión Asiático Emiliano cayó bajo asedio en la ciudad de Alba en Latium, aunque también fue capturado y asesinado.

No obstante, Marco Emilio volvió a avanzar sobre Roma, fracasó de nuevo y se retiró.

[55]​ Fue herido en la batalla contra el propretor Cayo Valerio Triario, y murió aproximadamente de dos a cuatro semanas después del desembarco.