Se ubica al noroeste del país, en la ensenada de Atacames en el norte y en Mompiche en el sur específicamente.

Estas formaciones se ubican principalmente en Caimito, El Progreso y al norte de Tongorachi.

[1]​ La parte terrestre, existen dos formaciones predominantes, el 51.1 % se encuentran conformados por acantilados a lo largo de toda la costa de la RMGSF, el 23.3 % son playas localizadas en Quingue, Caimito, El Progreso, Tongorachi y San Francisco; otras geofromas existentes son fallas, mesas disectadas y vertientes abruptas.

[1]​ En la reserva no existen cuencas hidrográficas, aunque existen esteros que desembocan en el océano Pacífico y que se encuentran dentro del RMGSF, por ejemplo: Zapatillo, Malpello, Pachoche, Galera, de Piedras, Cumuliche, Galeritas, Agua Fría, entre otros.

[1]​ El área protegida presenta un clima tropical húmedo según la clasificación climática de Köppen-Geiger.

[1]​ A nivel de costa entre el Río Mataje hasta Cabo de San Francisco, existen mareas semi- duras, caracterizadas por dos pleamares y dos bajamares cada 24 horas.