Abarca una extensión de 11 825 hectáreas, conformada por sectores bien definidos como: Localizados frente a las costas de San Juan de los Cayos (Cayo Abajo y Cayo San Juan) y frente a las costas de Tucacas (Cayo Norte y Cayo Sur).
Formado por una densa vegetación de matorrales y selva de tipo tropófilo, este sector se extiende a lo largo del margen meridional del Golfete de Cuare.
Son llanuras abiertas al flujo y al reflujo de las mareas y a la retención de aguas de lluvias.
Presentan períodos de inundación y desecación extrema, lo cual ejerce una poderosa influencia sobre la avifauna acuática.
Esta zona del refugio es conocida como "Sitio Ramsar", lo cual le da una gran importancia nacional e internacional, por ser área de procreación de numerosas especies de avifauna e ictiofauna.