Por primera vez se proscribía el castigo físico y se propugnaba la experiencia y la intuición como fuentes de conocimiento, pretendiendo que los discípulos aprendieran de forma natural, como si de un juego se tratase.
Tomó por tanto determinación de crear un Real Instituto en 1805.
Además de centro formativo para los futuros cuadros dirigentes del ejército y la administración, también se la formación de observadores, futuros maestros, para que difundieran el método por el resto de España.
Aunque la formación religiosa no se descuidó, los sectores más tradicionalistas de la Iglesia cargaron contra la nueva institución, que rompía su monopolio educativo, calificándola de gentilicia y hasta protestante (religión de Pestalozzi), al hablar de una moral humana natural, no sólo religiosa.
Las voces contra el método pestalozziano se sumaron a las turbaciones que atravesaba España y al descontento político de la nobleza y los sectores más conservadores con las innovaciones introducidas por Godoy, lo que llevó a Carlos IV a decretar el cierre del Instituto un par de meses antes de la caída tanto de Godoy como de él mismo.