Al igual que con la PCR, con la LCR se puede amplificar una secuencia de ADN concreta, así como determinar una mutación de una base nucleotídica.
Se utilizan cuatro cebadores (2 parejas), de los cuales dos de ellos hibridan a una cadena del ADN molde, y los dos cebadores restantes a la cadena complementaria.
Además, concretamente uno de los cebadores de la pareja debemos añadirlo fosforilado en el extremo 5', ya que la ligasa requiere un extremo 5' fosforilado y un 3' libre para realizar su función.
No obstante, podemos utilizar esta característica para la visualización posterior, ya que la fosforilación la podemos realizar con 32P, de manera que el cebador 5' queda marcado.
Posteriormente, los productos amplificados se observan en una electroforesis en gel de agarosa.