Jugó con los Yankees de Nueva York (1996-2002, 2005) y los Boston Red Sox (2003-2004).

Obtuvo su segundo anillo de Serie Mundial cuando los Yankees barrieron a los Padres.

Ese año, inició sólo seis juegos y rápidamente fue trasladado al bullpen.

Se reincorporó al equipo para la Serie de Campeonato, donde lanzó 2+1 ⁄ 3 entradas y logró un salvamento.

En la Serie Mundial, lanzó 1+2 ⁄ 3 entradas de relevo y permitió 3 hits y 2 carreras, todas limpias, sin embargo, aun así obtuvo la victoria cuando los Yankees barrieron a los Bravos, 4-0.

En la Serie de Campeonato, apareció en relevo durante tres juegos y permitió un jonrón (su única carrera limpia en esa serie), lanzando cinco+1 ⁄ 3 entradas con efectividad de 1.69.

Lanzó 1+1 ⁄ 3 entradas en la Serie Divisional de la Liga Americana de 2002 contra los Angelinos, permitiendo sólo dos carreras limpias cuando los Yankees fueron derrotados tres juegos a uno.

Mendoza ganó otro anillo de Serie Mundial con los Medias Rojas en 2004.