Lanzó para el equipo Clase-A Columbus Catfish y para el Clase-A avanzada Vero Beach Dodgers, en 2006, y fue clasificado como el 22 mejor prospecto en la organización de los Dodgers por Baseball America.
Lanzó en 23 partidos, terminando con récord de 4-0 con 15 salvamentos y una efectividad de 2.41 con Columbus, lanzando siete entradas en blanco con cinco ponches durante sus últimos seis encuentros.
Troncoso dividió el 2007 entre el nivel A con Inland Empire 66ers of San Bernardino y el Doble-A con los Jacksonville Suns.
Le lanzó a un bateador e indujo un doble juego para terminar la entrada.
Con los Dodgers apareció en 18 partidos y tuvo una efectividad de 6.75.