Merkle aparece en la novela de ciencia ficción La era del diamante, que trata sobre nanotecnología.

Durante su estancia en Xerox PARC, Merkle diseñó las funciones de cifrado por bloques Khufu y Khafre y la función de hash criptográfica Snefru, en referencia a tres faraones egipcios.

En 1988, empezó a trabajar en Xerox PARC como científico de investigación.

En 1999 pasó a ejercer como teórico de la nanotecnología para Zyvex.

Es mencionado en la novela de ciencia ficción La era del diamante, que trata sobre nanotecnología.