Rafael Wellington hizo su debut como futbolista profesional en 2004 con el Real Madrid CF "C".

[1]​ Una temporada más tarde fichó por el RCD Mallorca "B",[1]​ antes de irse al CF Villanovense en 2006.

[1]​[3]​ En 2012 se mudó a Moldavia para fichar por el FC Milsami,[1]​ y justo un año después por el FC Zimbru Chișinău.

Finalmente en el mercado invernal de 2014 fichó por el PTT Rayong FC.

En 2015 dejó el club para fichar por el Chiangmai FC.