Antes del comienzo de la temporada 2008 del Brasileirão, Mancini fue despedido y Rafael tuvo una nueva oportunidad con el entrenador Celso Roth, el mismo entrenador que promovió a Ronaldinho al primer equipo en 1998.

Como mediocampista defensivo, Rafael se perdió sólo un partido de liga y recibió sólo cinco tarjetas amarillas durante la temporada.

Comenzó sólido en la temporada siguiente, que incluyó un gol impresionante contra Colo-Colo en la Copa Libertadores y un Campeonato Mineiro, una vez más como parte de los once titulares del equipo.

El mismo año, participó en la Copa Sendai con la Sub-18, pero fue suplente y no vio minutos de juego.

Recibió su primera convocatoria internacional con la Selección mayor por Tite el 22 de agosto de 2016, para los partidos contra Ecuador y Colombia.