En octubre de 2013, tras haber jugado tres temporadas para Cagliari, Nainggolan renovó su contrato hasta el año 2016.

Doce días después, en los cuartos de final, la Roma se enfrentó a la Juventus; Nainggolan jugó los 90 minutos del partido y el equipo pasó a semifinales.

[7]​ No acabó el año en italia y fue traspasado al Bhayangkara FC de Indonesia.

[7]​ Tras su paso en indonesia, volvió en enero de 2025 a Belgica para jugar en el Lokeren-Temse, donde milita actualmente.

[1]​ Ha sido internacional con la selección de Bélgica en distintas ocasiones y categorías.

Con las selecciones juveniles participó en las categorías sub-16, sub-19, sub-20 y sub-21, logrando un total de un gol en dieciocho partidos disputados.

Es hijo de Lizy Bogaerts, quien lo crió junto a sus tres hermanastros y su hermana gemela (Riana Nainggolan, también futbolista), y de Marianus Nainggolan, quien abandonó a su familia cuando Radja era un niño.