Tras vencer al Arenas de Armilla y al CD Toledo en la eliminatoria de ascenso, consiguió ascender para así participar la temporada 2006/2007 en 2.ª División B en el grupo IV.
Comenzó la temporada en el banquillo Francisco Javier Manzano Camacho, que fue destituido tras una campaña irregular, haciéndose cargo del equipo Francisco Javier Zafra en las últimas jornadas, logrando salvar la categoría en la última jornada de liga en el encuentro liguero en el José del Cuvillo ante el Puerto Real CF (1-0).
La parcela física la llevó Alberto Romero Fernández y como novedad se alcanzó un acuerdo con el contrastado fisioterapeuta portuense Álvaro Soto Villarreal para que llevase a cabo la recuperación de la plantilla.
En la temporada 2011/2012, el equipo portuense estuvo dirigido por David Galisteo Moreno y fue presidido por Ignacio Corzo Benítez.
La temporada 2020-21, el Racing consigue la 2.ª posición de su subgrupo y consigue el Ascenso a Primera División Andaluza, junto al San Fernando B., todo ello, gracias al máximo goleador del equipo Corbi, quien logró la friolera de 32 goles en dicha temporada Cuerpo Técnico temporada 2024/2025: