El río Sújona nace en el lago Kúbenskoye (407 km²), localizado en la parte meridional del óblast de Vólogda.
El río Sújona discurre en el primer tramo en dirección sureste, atravesando la ciudad de Sokol (43 042 hab.
A partir de aquí se encamina cada vez más hacia el este, bañando Susjskoe y Uvarovica.
Poco a poco se encamina hacia el noreste, en una región muy llana y con muchos humedales , en la que atraviesa primero la ciudad de Totma (10 531 hab.
En la época estival el río, pese al clima frío y lluvioso, lleva mucha menos agua.