El ahora restaurado puesto comercial de es compañía, Fort Selkirk, está en la confluencia del Pelly con el Yukón.
En su primer tramo el río corre al suroeste por un amplio valle, recibiendo muchos pequeños afluentes que le abrodan desde el este.
A partir de este tramo el río es acompañado por la Robert Campbell Higway y se vuelve hacia el noroeste discurriendo por la fosa Tintina, en un cusrso típico de llanura con muchos y sinuosos meandros.
Al poco, la Robert Campbell Higway deja el valle del Pelly que continúa corriendo por la vertiente meridional de la montaña Rose, recibiendo al río Glenlyon, desde la izquierda.
Varios kilómetros después, el Pelly recibe al río Earn, también por la derecha y sale fuera del cañón, corriendo a través de una llanura, donde recibe al río Tummel por la izquierda.
Después recibe al río Macmillan (320 km y cuenca de 13 800 km²), su principal afluente, por la derecha, y luego se vuelve hacia el oeste, alcanzando la pequeña localidad de Pelly Crossing (291 hab.