La parte alta del Nupe se encuentra en las lagunas de origen glaciar Siula y Carhuacocha, a su vez que es alimentado por el drenaje de la laguna glaciar Gangrajanca.Desde la laguna Carhuacocha nace el río Nupe y recorre 10 km en dirección noreste, pasando por el pueblo de Queropalca y a casi 1 km de distancia del pueblo mencionado recibe a su tributario el río Machaycancha.Desde allí cruzando una cresta de montaña recorre 6 km hasta que el Kilómetro 29 se encuentra con su río también tributario Huayhuash que viene desde el sur y cambia a rumbo noreste.Para dicho recorrido de sur a norte pasa por los poblados de Concepción y Santa Rosa, los cuales se ubican en los márgenes este y oeste respectivamente.Al oeste, la Cordillera Huayhuash forma la cuenca de los ríos Pativilca y Huaura, que fluyen hacia en dirección oeste hacia el Océano Pacífico.
Río Nupe en tiempo de avenida, poco antes de formar el río Marañón con el río Lauricocha, visto desde el puente HU-723.
