El río Kofarnihon o Kofirnihan (también transliterado del ruso como Kafirnigan) (en tayiko, Кофарниҳон) es uno de los principales afluentes del Amu Daria, junto a los ríos Vajsh y Panj.
Nace en la vertiente meridional de la cordillera Gissar en el distrito de Vahdat, ex distrito Kofarnihon, recorriendo 387 km en dirección sudoeste atravesando Kofarnihon, Vahdat, y Dusambé, donde dobla hacia el sur hacia la provincia de Khatlon dirigiéndose a la frontera con Afganistán.
Tres de las diecinueve presas del país se encuentran en su curso.
Durante el período soviético se llevaron a cabo grandes obras de irrigación.
Junto a Uzbekistán en 1940 Tayikistán construyó el Canal Gissar, que lleva agua del río Dusambé al Surxondaryo.