Drena la meseta de Chilcotin, que se encuentra entre el río Fraser y las montañas Costeras.
Nace al noreste de la montaña Itcha y fluye generalmente en dirección sureste hasta unirse al Fraser unos 22 km aguas arriba de Gang Ranch.
Varias partes de los tramos superior y medio, en particular, los 12 km a partir del lago Itcha, son muy pantanosos con un movimiento lento.
La confluencia del Chilko/Chilcotin es única en el sentido de que el Chilko es en realidad varias veces más caudaloso que el Chilcotin, aunque el Chilko se une al Chilcotin.
El cañón Farwell se encuentra unos 15 km por encima de la desembocadura en el Fraser.