El río Bakoye nace en las montañas de Futa Yallon, en Guinea, y tras dirigirse primero al sur enseguida da una amplia vuelta y se encamina hacia el noreste, atravesando las colinas Mandingo, en dirección a la frontera de Malí.
Durante un corto tramo el río sirve como frontera internacional, entre Guinea, al este, y Mali, al oeste, en un tramo en el que recibe por la derecha a uno de sus principales afluentes, el río Kokoro.
Luego el río se adentra en Malí, siguiendo dirección norte-noroeste y fluyendo sobre tierras más bajas.
en 1998) y tras bordear por el oeste la Reserva Badinko, recibe luego, por la margen derecha, su principal afluente, el río Baule.
Conoce largos periodos de sequía, que incluso le dejan completamente seco.