Pasa por los departamentos de Lozère, Ardèche (en su límite con Lozère), Alto Loira, Puy-de-Dôme, Allier, Nièvre y Cher (en estos dos últimos marca los límites).

En su desembocadura el Allier aporta un caudal inferior, pero comparable, al del Loira (150 m³/s frente a 182 m³/s del Loira).

Riega las poblaciones de Langogne, Brioude, Issoire, Vichy y Moulins.

Otro uso histórico fue la pesca comercial; el último pescador de este tipo cesó su actividad en 1975 y actualmente hay un uso importante para pesca recreativa.

El agua de su cuenca se utiliza para consumo humano en numerosas comunidades, incluida Clermont-Ferrand.