Si bien en Locmaria, a escasa distancia del actual centro histórico, existió una ciudad romana a orillas del Odet, Quimper no parece surgir hasta la Alta Edad Media.

Rey de Ys, Gradlon habría donado su castillo al santo para que edificara su catedral.

Históricamente, es probable que el obispado fuera fundado ya en época carolingia y ya a finales del siglo X las excavaciones arqueológicas han puesto de relieve la existencia de una cierta planificación urbana en torno a la nueva catedral románica.

Con la unión de Bretaña a Francia, las tensiones entre el obispo y el poder ahora real se atenúan, mientras que la ciudad crece lentamente, acoge nuevas órdenes monásticas y regulariza poco a poco su trazado urbano.

Con la Revolución francesa, la ciudad se convierte en capital del nuevo departamento de Finistère.