Presenta pseudobulbos pequeños, globulares, recortado por vainas no secas, a veces rotas en filamentos irregulares, con una sola hoja apical oblongo lineal, un poco carnosa.
La inflorescencia es apical, con pequeñas flores solitarias, por lo general de color verde o púrpura.
Fue propuesto por Alexander Curt Brade en Arquivos do Serviço florestal 1(1): 42,, en 1939, cuando describió Pygmaeorchis brasiliensis, su especie tipo.
El género fue descrito por Alexander Curt Brade y publicado en Arquivos do Servico Florestal 1(1): 42.
Pygmaeorchis, no se ha estudiado, sin embargo, como su morfología sugiere, deben estar ubicadas cerca de los géneros Leptotes e Isabelia.