Se encuentra en el lado occidental de Puerto Princesa, hacia el oeste del Estrecho Princesa, y el lado occidental de la isla Palawan.
El puerto se encuentra a 558 metros de un arrecife de coral en la porción sur de la punta Bancao-Bancao.
Su distancia al mar desde Manila es 370,6 millas náuticas (686,4 kilómetros).
El puerto de Puerto Princesa es un importante punto de entrada a la isla y provincia de Palawan.
La ciudad de Puerto Princesa se encuentra en el medio de la gran extensión de la isla, y como tal, sirve como el centro de transporte (de mercancías y pasajeros) tanto para los municipios del norte como los sur de la provincia.