Su segundo nombre, Apión, originario del Antiguo Egipto, podría estar relacionado con su ascendencia materna.
Sus abuelos paternos eran greco-egipcios, el faraón Ptolomeo V Epífanes y la reina Cleopatra I de Egipto, una princesa griega del Imperio seléucida.
Apenas se conservan registros del reinado de Ptolomeo en Cirenaica.
Ptolomeo murió el 96 a. C. y se cumplieron las condiciones del testamento de su padre para la Cirenaica.
Las ancestrales propiedades de Ptolomeo fueron ocupadas por la población local en el siglo I.