Su nombre honra al religioso español Francisco Alonso de Abad, fraile franciscano explorador del río Aguaytía y el primero en hacer contacto con los nativos cashibos en el siglo XVIII.

También estuvo habitado por otros grupos etnolingüísticos, entre ellos: shipibo, conibo, shetebo, cacataibo y carapacho.

Entre los años 1727 y 1736, los misioneros hicieron los primeros contactos con los indomables indígenas cashibos.

Gracias a las memorias del padre Francisco Alonso de Abad, quien manifiesta en sus relatos la existencia de «un boquete abierto que da salida a un arroyo en terreno quebrado de impresionante y majestuosa altura, estrecha garganta y verticales taludes rocosos»; que casi a las dos centurias en el año 1937 una expedición dirigida por el Ing. Augusto Coz Sarria y Alfonso Bernoz partiendo de Tingo María logró su redescubrimiento, lo que facilitó la construcción de la carretera Tingo María-Pucallpa.

Aguaytía, capital de la provincia empezó a poblarse como caserío en el año 1914 con la llegada de sus primeros moradores mestizos, don Felipe Donayre, Antonio Mendoza y Antonio Quesada.

Entre los años 1940-1943, se construyó la carretera Federico Basadre integrando a las 3 regiones naturales del Perú: Costa, Sierra y Selva.