Esta versión únicamente contó con edición física en Asia, la cual incluye subtítulos en chino y en inglés.

Unos cuantos años después del incidente, dos de las chicas, (Marie Shinomiya y Tomoe Nanamura) mueren misteriosamente.

Después que el detective Kirishima diera con la localización de las niñas, Ruka abandonó la isla junto con su madre, Sayaka.

Dicho fenómeno también causó la muerte a dos amigas de Ruka, Marie y Tomoe, que como ella también fueron secuestradas.

Ahora Ruka, desea recuperar su memoria pérdida y conocer qué le ocurrió a su padre.

Madoka no perdió toda su memoria con respecto a lo que ocurrió el día del secuestro.

Choushiro fue en busca de Ruka y también quería saldar su cuenta pendiente con la investigación cancelada en el Hospital Haibara.

Su viaje por el hospital abandonado no será fácil, los espíritus de los pacientes nunca descansaron en paz.

Los ya habituales puntos adquiridos al fotografiar fantasmas dejan de utilizarse para este fin.

(Siguen siendo acumulables pero esta vez pueden ser utilizados para cangearlos por medicinas, cargas de película, etc.) En su lugar se han añadido unos nuevos cristales espirituales, los cuales debemos ir recolectando a lo largo de los escenarios para así poder invertirlos en mejorar nuestro arma desde el menú.

La famosa lista de fantasmas regresa al igual que en los anteriores tres juegos, así como el Modo Misión, y un nuevo reto que consiste en encontrar y fotografiar durante la partida varias pequeñas muñecas de estilo japonés repartidas por los escenarios de todo el juego, para así desbloquear varios extras al terminar el juego como son nuevos trajes, nuevas Lentes para la cámara, etc.