Project64 se ejecuta especialmente con una buena rapidez en computadoras basadas en Intel/AMD, especialmente a través de su compilador en tiempo de ejecución que analiza la ROM cargada y traduce las instrucciones conocidas para que sean funcionalmente similares a x86 inmediatamente cuando la ROM es cargada.
Los plugin gráficos Jabo's Direct3D permiten aplicar durante el juego distintos efectos ( anisotropic filtering, Super2xSal textures entre otras) además de cambiar la resolución.
Además, los plugins dan soporte a joystick o mandos de control para computadora.
Cabe destacar que si el joystick posee efecto de vibración, con el plugin N-rage se puede emular el Rumble Pack, accesorio para el control de la consola, con lo que se podrá disfrutar del "Rumble force feedback" (vibración del controlador).
También, con el mencionado plugin se puede emular el Transfer Pack, el cual permitía transferir datos del Game Boy Color al Nintendo 64, y viceversa.