La PrvaLiga de Eslovenia 1998-99 fue la octava edición de la máxima categoría del fútbol esloveno.
Inició el 2 de agosto de 1998 y finalizó el 13 de junio de 1999.
El campeón fue el NK Maribor por tercera vez consecutiva.
PJ = Partidos jugados; PG = Partidos ganados; PE = Partidos empatados; PP = Partidos perdidos; GF = Goles anotados; GC = Goles recibidos; Dif = Diferencia de goles; Pts = Puntos