El presidente del Ayuntamiento de Manzanillo, llamado también alcalde o presidente municipal, es el representante político y administrativo del gobierno municipal basado en el artículo 115 de la Constitución Mexicana y el encargado de presidir el Cabildo Municipal.

Sus funciones se concentran en responsabilidades fiscales, de obras públicas, desarrollo urbano y varios servicios públicos como el mantenimiento de los espacios públicos, provisión de agua, recolección de residuos domésticos y disposición final, alumbrado público, entre otras.

Antes de que Manzanillo fuera declarado municipio, hubo gobiernos encabezados por prefectos y directores políticos.

[3]​ Ocho días después de darse a conocer el estatuto, se convocaron a elecciones para elegir al primer representante de la administración municipal, resultando electo el empresario Ponciano Ruiz, tomando posesión del cargo en agosto del mismo año.

[1]​ En esta etapa varios presidentes electos pidieron licencia para competir por otros cargos de elección popular por lo cual tuvieron que ser sustituidos en su puesto, exceptuando al profesor Alberto Larios Gaytán, quien murió en el ejercicio de sus funciones.