Cabe mencionar que aunque algunos clientes de correo incluyen la opción de dejar los mensajes en el servidor, el funcionamiento general es: un cliente que utilice POP3 se conecta, obtiene todos los mensajes, los almacena en la computadora del usuario como mensajes nuevos, los elimina del servidor y finalmente se desconecta.
En contraste, el protocolo IMAP permite los modos de operación conectado y desconectado.
Esto genera problemas al momento que un cliente pretende dejar los mensajes en el servidor, ya que los mensajes con número cambian de una conexión al servidor a otra.
[cita requerida] El UIDL proporciona un mecanismo que evita los problemas de numeración.
El servidor le asigna una cadena de caracteres única y permanente al mensaje.
Si la autenticación es correcta, el cliente POP pasa al Estado de transacción, en este estado se pueden utilizar órdenes LIST, RETR y DELE para mostrar, descargar y eliminar mensajes del servidor, respectivamente.