Fundado en 1965 bajo el nombre de Atlético Pontevedrés Club de Fútbol, el equipo cambió su denominación a la actual en 1995.

Actualmente compite en Preferente Galicia, siendo un importante escalón en la formación de jugadores que aspiran a llegar al primer equipo.

En la década de 1970, el equipo compitió principalmente en la Preferente Galicia, logrando algunos ascensos y descensos entre Tercera y Preferente.

El Pontevedra B disputa sus partidos como local en el campo de fútbol A Xunqueira, con capacidad para 1.000 personas.

El estadio es conocido por su ambiente cercano y por su apoyo a los jóvenes talentos locales.