Los polianfólitos son moléculas grandes como las proteínas que tienen muchos grupos ácidos o básicos.
Cuando se aplica un campo eléctrico a una disolución de estos iones, las moléculas cargadas positivamente se desplazan hacia el cátodo y las que tienen carga negativa lo hacen hacia el ánodo.
Un anfólito no se mueve en ningún sentido cuando está en su punto isoeléctrico, puesto que tiene una carga neta igual a cero.
A medida que se eliminan los protones, elevándose el pH, más grupos quedan desprotonados.
El hecho de que las distintas proteínas y oligopéptidos tengan distintas cargas netas a un pH determinado suele aprovecharse para su separación, bien por electroforesis, o por cromatografía de intercambio iónico.