Contiene 12 minijuegos con distintos pokémon (de Kanto y Johto), también posee un "Modo Torneo" en que se compite contra la computadora para obtener cierta cantidad de monedas, el que llegue a un total predeterminado, es el campeón.

Para ayudar a los novatos y, también experimentados, en diversos tópicos del mundo pokémon.

Teniendo un Transfer Pak y un juego de Pokémon Rojo, Azul, Amarillo, Oro, Plata o Cristal conectados, es posible jugarlos en el Nintendo 64.

Al comienzo de la emulación, aparece la opción Load Little y Load Max, esto significa si se cargan los datos del juego a medida que este se desarrolle (menú PAUSA, algunos colores, sonidos, etc.) o se carguen todos los datos inmediatamente, lo cual toma algo más de tiempo.

Cabe decir que para esto funcione realmente, se debe haber completado la liga pokémon en el juego de Gameboy.

Además, para que Doduo's Tower funcione en Oro, Plata y Cristal, se debe haber vencido al Rival.

Ítems que se ganen de diversas maneras pueden ser usados aquí (o en el GameBoy) y vistos en 3D.

También es posible crear sets de reglas, los cuales pueden ser usados en el Modo VS y en Batalla Libre.

Una vez que se haya hablado con una niña en el Centro Comercial de Ciudad Trigal, ella aparecerá diariamente para dar al jugador un Regalo Misterioso, que puede ser recogido en Oak's Lab o usado en el juego de GameBoy directamente.

Ahora es posible acceder al Round 2, el cual aumenta considerablemente la dificultad de las batallas en el Estadio y Gym Leader Castle, además modifica los pokémon que combaten en Batalla Ahora!, venciendo nuevamente Estadio y Gym Leader Castle aparece la opción V/S Rival nuevamente, una vez que se haya ganado la Batalla Final la pantalla de título cambiará nuevamente y el juego ha sido pasado.

Esto se aprecia en los Gimnasios de Kanto o en Prime Cup, que también fueron vistos en Pokémon Stadium Cuando un pokémon golpea el piso, una Poké Ball se abre, entre otros sonidos, han sufrido mejoras.

Así, menciona el clima, los tipos, los niveles, las "dificultades" por las que pasan los pokémon combatientes, entre otras cosas.

La inclusión de ítems, y la aleatoriedad de estados como Confusión, Retroceso, Congelamiento, Dormido o Daño Crítico hace mucho menos predecible una batalla, por ejemplo ahora una confusión puede durar desde 1 hasta 6 o más turnos, cuando antes al tercer turno se estaba desconfundiendo como máximo.