Por tal motivo, la Junta Suprema Provisional que Gobernaba a la entonces provincia convocó a los Chiapanecos para que integraran un congreso constituyente que se hiciera cargo de redactar la Constitución Política del nuevo Estado Libre y Soberano de Chiapas, conforme la Constitución Federal.

Con esta base se eligió a tres abogados para que fungieran como Magistrados del Tribunal Superior de Justicia del Estado y por decreto número uno el poder Judicial fue confiado, provisionalmente, a los Tribunales que lo ejercían en esa época.

Y por primera vez, se divide al Estado en dieciséis Distritos Judiciales: Comitán, Chilón, Chiapa, Las casas, Cintalapa, La Libertad, Mariscal, Mezcalapa, Palenque, Pichucalco, San Andrés, Simojovel, Soconusco, Tonalá, Tuxtla y Villaflores.

La Presidenta o el Presidente del Tribunal Superior de Justicia será el Titular del Poder Judicial del Estado, durará en su encargo tres años y será designado por el Pleno de Distrito de entre los Magistrados Regionales, pudiendo ser reelecto por un periodo más.

El Tribunal Administrativo del Estado de Chiapas tiene a su cargo dirimir las controversias que se susciten entre la administración pública estatal o municipal, y los particulares; así como lo relativo a la imposición de sanciones de los servidores públicos estatales y municipales, por responsabilidad administrativa grave y a los particulares que incurran en actos vinculados con faltas administrativas graves, además de fincar a los responsables el pago de indemnizaciones y sanciones pecuniarias que deriven de los daños y perjuicios que afecten a la Hacienda Pública Estatal o Municipal o al patrimonio de los entes públicos estatales o municipales.