El PNC se inscribe en el Plan Nacional de Desarrollo del gobierno recién instalado, junto con un paquete de ajustes que incluyó, entre otros, el fortalecimiento del rol estatal en la gestión de los recursos naturales y la creación de un Ministerio del Agua que incorporó tres subsectores: riego, agua potable y cuencas.
Un rasgo clave del PNC, desde su concepción, fue proponerse como política en construcción a partir de la experiencia de acciones y actores involucrados, sin plantear inicialmente un marco institucional y normativo que le quitara flexibilidad.
Entre los antecedentes del PNC, previo al año 2000, se encuentran las iniciativas locales con un enfoque de cuenca que se impulsa en diferentes regiones del país: los más significativos: PROMIC en Cochabamba, SEARPI en Santa Cruz, y PERTT en Tarija.
Después de la guerra del agua, las medidas de fuerzas entre movimientos sociales y gobiernos de turno crearon un entorno favorable en el que prosperó y cobró notoriedad la reflexión sobre un nuevo modelo legal e institucional hídrico-ambiental, al que le dieron su respaldo, visiones distintas, es decir desde, la academia, la política, la cooperación, las instituciones y organizaciones sociales, rurales y urbanas.
Siguieron procesos de construcción legal, siendo rechazado el nuevo marco legal de agua con rasgos privatizadores (anteproyecto de Ley del Recurso Agua versión No.32), sectores del gobierno con especial interés en agua potable, riego, minería y en el sector energético, cada uno por separado, promovieron sus propios marcos legales (sub)sectoriales capaces de asegurar su acceso y derechos asociados al agua.